Aluekeskusohjelma oli osa Suomen kansallisen aluepolitiikan kokonaisuutta. Ohjelma perustui hallituksen syksyllä 2000 hyväksymiin aluepoliittisiin linjauksiin.
Ensimmäinen ohjelmakausi koski vuosia 2001 – 2006. Marraskuussa 2006 valtioneuvosto nimesi kaikki edellisellä ohjelmakaudella mukana olleet 35 aluetta ohjelmaan vuosiksi 2007 – 2010. Ohjelmakausi päättyi vuoden 2009 lopussa uuden koheesio- ja kilpailukykyohjelman (KOKO) käynnistyessä 2010 alussa.
Ohjelman kansallisesta koordinoinnista vastasi työ- ja elinkeinoministeriö (TEM), jonka kautta ohjelma-alueet saivat perusrahoitusta (maakunnan kehittämisraha) enintään 50 % ohjelmansa toteutukseen. Loppuosa rahoituksesta tuli mukana olevilta kunnilta.
Joensuun seudun aluekeskusohjelma-alue koostui seudun kuudesta kunnasta (Ilomantsi, Joensuu, Kontiolahti, Liperi, Outokumpu ja Polvijärvi). Ohjelmalla oli maakunnallinen ulottuvuus, sillä Keski-Karjala ja Pielisen Karjala olivat toteutuksessa mukana yhteistoiminta-alueina.
Ohjelman hallinnoinnista ja koordinoinnista vastasi Joensuun Seudun Kehittämisyhtiö JOSEK Oy. Ohjelman toteutus perustui tiiviiseen verkostomaiseen yhteistyöhön maakunnan eri toimijoiden kanssa.
Yksittäisiä toimenpiteitä toteuttivat JOSEK Oy:n lisäksi mm. Joensuun Tiedepuisto Oy, Pohjois-Karjalan ammattikorkeakoulu, Joensuun yliopisto, Pohjois-Karjalan koulutuskuntayhtymä, Karelia Expert matkailupalvelu Oy, Suomen Kivikeskus Stone Pole Oy sekä Keski-Karjalan Kehitysyhtiö KETI Oy. Ohjelman toteutus oli kytketty tiiviisti Joensuun seudun elinkeino-ohjelman toteutukseen.
Ohjelman toteutusta seurasi ja johti johtoryhmä, jossa olivat edustettuina eri viranomaiset, seudun kunnat, oppilaitokset, elinkeino- ja työmarkkinajärjestöt sekä yhteistoiminta-alueet. Johtoryhmä kokoontui noin viisi kertaa vuodessa. Ohjelmasta vastaavana päättävänä elimenä toimi JOSEK Oy:n hallitus, joka hyväksyi mm. vuosittaiset toiminta- ja taloussuunnitelmat johtoryhmän esityksestä.
